双侧巧克力囊肿如果不治疗的话，基本是无法怀孕的，因为双侧巧克力囊肿会影响卵巢正常的排卵功能，双侧巧克力囊肿经过治疗后，是可以增加怀孕的成功性的，但是也并不是一定会怀孕，怀孕的难度还是存在的。
建议
建议有孕育需求的，积极配合医生治疗，最好可以自然怀孕，如果无法自然怀孕，再考虑进行试管婴儿，如果无生育需求，可以考虑药物治疗，甚至是切除卵巢，但是任何治疗方法都需要在医生的指导下进行。
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