小孩便秘的引起原因多种多样，主要包括以下几个方面：
饮食因素
食物成分不当：如果食物中含有大量的蛋白质，但碳水化合物不足，肠道菌群会发生变化，肠道发酵过程减少，粪便容易呈碱性，变得干燥。相反，如果食物中含有较多的碳水化合物，肠道发酵细菌会增加，发酵作用也会增加，导致粪便呈酸性，次数增多而粪便变软。此外，食用高脂肪和高碳水化合物的食物会使粪便润滑。
饮食不足：如果婴儿进食太少，消化后的残留物就会更少，自然的粪便也会更少。牛奶中的糖不足会使粪便干燥。如果长期饮食不足，就会形成营养不良，腹肌和肠肌缺乏力量，无法解决粪便，可能会出现顽固性便秘。
食物中纤维素过少：小儿偏食，许多小儿喜食肉类，少吃或不吃蔬菜，食物中纤维素太少，也易发生便秘。
生活习惯因素
排便习惯不良：不规律的生活或缺乏及时的排便训练会导致排便条件反射难以形成，然后导致便秘。学龄前儿童可能在早上没有排便，上课时间不能随时排便，经常保持排便也是便秘的常见原因之一。
缺乏运动：一些常用的泻药或灌肠，缺乏体育活动也很容易导致便秘。
精神因素：儿童突然受到精神刺激，或突然改变环境和生活习惯也会导致短期便秘。
其他因素
肠道功能异常：营养不良、佝偻病、高钙血症、皮肌炎、小病、先天性肌无力等儿童会导致肠壁肌无力，导致功能障碍和便秘。此外，交感神经功能障碍、腹肌虚弱或瘫痪往往会导致便秘，服用某些药物也可能导致儿童肠蠕动减少和便秘，如胆碱药物、抗酸药、一些抗惊厥药物、利尿剂和铁。
异常的体格和生理：如肛裂、肛门狭窄、先天性巨结肠、脊柱裂或肿瘤压迫马尾都会引起便秘。
先天性因素：少数小儿便秘的原因为先天性因素，如肠道过长导致蠕动速度减慢。部分年龄较小的婴幼儿出现长期便秘，建议及时就医排除先天性巨结肠等因素。
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