功能性消化不良的治疗主要是对症治疗和综合治疗以及个体化治疗的原则。
如果出现上腹痛为主要症状者，可给予抑制胃酸分泌的药物，常用的有质子泵抑制剂，如奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等。
如出现上腹胀、早饱，可选择胃肠动力的药物，常用的有伊托必利、莫沙必利、吗丁啉等。
对于有幽门螺旋杆菌感染的功能性消化不良，要用含铋剂的四联方案根除幽门螺旋杆菌治疗14天。
如出现精神症状者可给予抗抑郁药物的处理，还可加用胃黏膜保护剂处理，常用的有达喜、马来酸伊索拉定、替普瑞酮、聚普瑞锌等。
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