导致男性尿道炎的病原体很多，常见的有淋菌性尿道炎，是由淋球菌导致的尿道感染；非淋菌性尿道炎多数是由支原体与衣原体感染导致；大肠杆菌、分支杆菌、葡萄球菌等在身体抵抗力下降时，可在尿道内大量繁殖，导致尿道炎症的发生。
因此，尿道炎发生后，需要提取尿道分泌物或尿道的脓液，进行病原体检查以及进行药敏试验。可发现病原体的类型以及对何种抗生素治疗敏感。
常用的抗生素有:喹诺酮类抗生素，如氧氟沙星、环丙沙星等；大环内脂类抗生素，如红霉素、阿奇霉素；头孢菌素类抗生素。
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