跑步后膝盖痛，需要考虑以下几种常见原因：
第一，由于跑步时姿势不正确或者是剧烈的运动等，导致膝关节内的半月板以及韧带损伤所造成，通过核磁共振检查，可进一步明确诊断；
第二，患者本身存在着膝关节骨性关节炎，跑步后膝关节的负重增加，从而引起局部的疼痛不适；
第三，患者本身存在着髌骨软骨软化症，其跑步后会诱发或者是加重疼痛。
以上健康科普知识仅供参考，具体情况需到正规医院检查，由专业医师进行判断。
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