单纯的消化不良不会引起发烧。大多数消化不良是由非病理性因素引起，如饮食不当、喂养不合理等会引起消化不良；缺锌、缺铁会引起消化不良。非病理性原因引起的消化不良不会发烧。
如果婴幼儿患有疾病，如呼吸道感染、消化道系统感染、泌尿系统感染等，均会引起消化功能紊乱。如感冒、气管炎、肺炎等会伴有消化功能紊乱的表现，患儿在咳嗽、发烧的同时会出现恶心、呕吐、大便发稀、拉稀等，这不是消化不良引起的发烧，而是原发病引起的发烧。
所以家长需要区分清楚患儿发烧的原因，对症处理。
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